Ingénieur UCL spécialisé en sciences nucléaires, Yves Jongen fut le premier habitant de Louvain-la-Neuve en tant que responsable du Centre de Recherches du Cyclotron.
Il fonde en 1986 la société IBA, spin-off de l'UCL. Responsable de la recherche, il y développe des systèmes de radiothérapie du cancer utilisant des faisceaux de protons : la protonthérapie. La société compte aujourd’hui 1600 employés et est leader mondial de son secteur.
Depuis 2015, Yves Jongen se consacre de plus en plus à l’astrophotographie